Dispone de un equipo filial masculino que alzó una Copa de la Liga de Segunda División y fue subcampeón de Segunda División -además de contar con un filial femenino-. De esta forma, fue habitual que en las primeras ediciones disputadas por los vascos se alinearan jugadores de la sucursal de Madrid (así, la Copa de 1904, vencida por el club bilbaíno, contó con más jugadores convocados del equipo madrileño que del bilbaíno). Probamos las nuevas Skechers. Sin embargo, para cuando se ponen a la venta en 1799 la situación ha cambiado, el clima represivo se acentúa y las pretensiones reformistas pasan a mejor vida: la Inquisición se interesará por las estampas de Goya y éste, asustado, terminará regalando las planchas al monarca a cambio de una pensión para su hijo. Sin embargo, siguió existiendo vinculación deportiva con el «padre» bilbaíno, el cual continuó convocando a los jugadores del Athletic Club de Madrid para que disputaran bajo la enseña vizcaína el Campeonato de España (destacando el madrileño Manuel Garnica Serrano, goleador en la final del Campeonato de España de 1911 que se adjudicaría el Athletic Club); convocatorias que decaerían cuando en 1912 se originó la primera versión de la llamada «filosofía del Athletic Club», conforme a la cual sólo podían jugar allí jugadores vizcaínos.
Sin embargo, la tensión fue en aumento y tras los insultos, algunos seguidores arrojaron almohadillas hacia las autoridades federativas. El cambio de estadio supuso que se potenciaran las secciones deportivas ajenas al football que habían sido inauguradas durante el mandato de De Acha, siendo habitual que destacaran jugadores en varias disciplinas (como Andrés Tuduri, futuro Presidente de la Federación Española de Atletismo, quien en sus doce temporadas en el club desde 1916 alzó varios títulos tanto en football como en hockey). El Athletic de Madrid estrenaría por primera vez en competición estos nuevos colores el 22 de enero de 1911, en la segunda edición de la Copa Rodríguez Arzuaga, ante la Real Sociedad Gimnástica Española. En cuanto a su devenir en la Liga de Campeones, comenzó el equipo la fase de grupos emparejado con Borussia Dortmund, Mónaco y Brujas, avanzando al cruce de octavos de final ante la Juventus tras convertirse Griezmann (ganador poco después del Balón de Bronce) en el máximo goleador de la historia del Club en competición europea, igualando a Luis Aragonés. Ambos equipos, madrileño y bilbaíno, no podían enfrentarse en partidos oficiales ni participar en la misma competición oficial al ser considerados a efectos el mismo club.
En 1915, Manuel Alonso, el primer tenista español en formar parte del Hall of Fame del tenis mundial, condujo al club a sus primeros títulos oficiales y nacionales: la Copa del Rey de hockey hierba y el Campeonato de España de Tenis. Al poco de obtener su personalidad jurídica propia, en la temporada 1908-09, el Athletic madrileño finalizó por primera vez subcampeón de un título oficial, el Campeonato Regional de Madrid, disputado en formato de liguilla que ganó el Español Foot-Ball Club. Respecto de estos nuevos socios es preciso recalcar que en aquel mismo año 1931 desapareció el último gran club madrileño campeón de la era amateur, que sobrevivía junto a blancos y rojiblancos como tercer club en aficionados de la capital: el Racing Club de Madrid. Es de destacar que en aquel momento el fútbol español, formalmente amateur, camisetas retro futbol se estaba profesionalizando. Al finalizar el partido, se produjeron unos incidentes debido a que los aficionados locales, que ya habían mostrado su descontento durante el partido, por la presencia de tres miembros de la Real Federación Española de Fútbol que se encontraban en el palco federativo.
Manuel Rodríguez Arzuaga (hasta el punto de que allí se disputaría el primer encuentro internacional en Madrid de la Selección española). Aunque el Athletic de Madrid todavía tuvo que esperar para alzarse con el Campeonato de España, fue gracias a su presencia en las finales de 1921 y 1926 por las que fue uno de los diez clubes fundadores de la Liga Española en 1928 (integrada por quienes hubieran sido campeones o subcampeones de dicho Campeonato). Conforme al sistema vigente entonces, los campeones regionales eran clasificatorios para el Campeonato de España. Además, se ha proclamado tricampeón de la Supercopa de Europa y campeón en 1974 de la Copa Intercontinental, siendo por ello uno de los clubes reconocidos por la FIFA como campeones del mundo. A partir de ese momento, el Athletic madrileño podía participar en el Campeonato de España (por primera vez en sus diez años de historia), siempre y cuando fuese el campeón del campeonato regional, aunque coincidiese con el Athletic Club de Bilbao. Por lo que respecta al fútbol, fundó su primer equipo femenino en 1989 y alzó su primera Liga de Primera División en 1990, aunque esa sección femenina -junto con todas las demás secciones polideportivas, masculinas y femeninas, con las que contaba el club y entre las que destacaba la de balonmano- desaparecieron pocos años después.