En la segunda vuelta se perdió el tren de luchar por la Champions, coincidiendo con las lesiones de jugadores importantes en el once amarillo, pero nunca se vio peligrar la clasificación para la Europa League, quedando finalmente en sexta posición, arrebatada a la Real Sociedad en el último partido de liga en Anoeta y evitando, así, jugar una de las rondas previas de la Liga Europea. Su rival en octavos fue la Real Sociedad. En este mes de diciembre el Villarreal alcanza también los octavos de final de la Copa del Rey tras derrotar al Cádiz C. F. por un total de (5-1) en el global de la eliminatoria, con un (1-2) en Cádiz y un (3-0) en Villarreal. El Villarreal logró pasar la eliminatoria contra el Red Bull Salzburg con un (5-2) en el global de la eliminatoria y en los octavos de la Europa League le tocó enfrentarse al Sevilla F. C.. En la previa de la UEFA Europa League el equipo vence a los kazajos del Astana Futbol Kluby por un 7-0 en el global de la eliminatoria.
El Sevilla F. C. acabó pasando la eliminatoria. Allá por la jornada 27 el Villarreal estaba sexto a sólo tres puntos del Sevilla F. C., mientras que en la UEFA el Villarreal pierde en la ida (1-3) en El Madrigal ante el Sevilla. Además, en la Liga de Campeones el Villarreal avanza hasta cuartos de final, donde su verdugo fue nuevamente el Arsenal F. C. inglés, mientras que en la Copa del Rey es eliminado prematuramente por el Polideportivo Ejido, rival de Segunda División B, tras sufrir una escandalosa goleada de 5-0 en la ida y un 1-1 en la vuelta en El Madrigal. Tras la vuelta de Fernando Martín de Estados Unidos en lo que duró una única temporada, el club se reforzó con Dražen Petrović, uno de sus grandes rivales europeos con el Košarkaški klub Cibona que les privó de vencer una nueva Copa de Europa en 1985 y eliminarles en 1986 anotando 90 puntos en sus duelos directos. En el verano de 2006, el club disputa su cuarta final de la Copa Intertoto, cayendo contra el NK Maribor esloveno por un global de 2-3, lo cual le excluyó para jugar competiciones europeas en la temporada 2006-07. En esa misma temporada, las lesiones de gravedad de algunos jugadores y la marcha a mitad de temporada de Juan Román Riquelme desembocaron en una discreta primera vuelta del equipo, pero -entre otros factores- la recuperación de Pirès y los 19 goles de Forlán (quinto máximo goleador de Liga) permitieron cumplir con el objetivo de disputar competición europea sin pasar por la Intertoto.
Al término de la temporada, el club interpuso una denuncia al R. C. D. Mallorca con la intención de ocupar la plaza de Europa League que le correspondía a este último, ya que el equipo balear había entrado en situación concursal, por lo que finalmente el Villarreal consiguió participar en dicha competición (pese a que la reglamentación UEFA no reflejaba ninguna medida contra un equipo en acogido a la Ley Concursal en el momento en el que la UEFA vetó la participación de los bermellones). Los jugadores con dorsales superiores al 25 son, a todos los efectos, jugadores del Bilbao Athletic, y como tales, podrán compaginar partidos con el primer y segundo equipo. Para celebrar tan señalada fecha el club organizó la disputa de un torneo al que se bautizó con el nombre de Torneo Cincuentenario del Real Madrid. Antes de comenzar la temporada 2007-08, se anuncia la partida de Diego Forlán al Atlético de Madrid y se incorporan dos importantes fichajes en el esquema del club: el delantero italiano Giuseppe Rossi y el portero español Diego López. 2004-05. Se incorporan nombres como el defensa argentino Gonzalo Rodríguez y el delantero uruguayo Diego Forlán. El club vive en una etapa de reestructuración y prueba de ello es que su presupuesto descendió en tres años de los cien millones de euros a los setenta, cambiando su filosofía centrada en la llegada de futbolistas sudamericanos (Forlán, Riquelme, Diego Cagna, Arruabarrena, Palermo, Sorín, Godín o Ibagaza), por la atención preferente a la cantera.
En esta etapa conquistó también la Supercopa de España, título de reciente creación, por lo que se convirtió en el único club español en conseguir vencer todas las competiciones posibles a nivel nacional e internacional. Los éxitos comenzaron en la temporada 1952-53 tras alzarse con la Copa Latina, competición de reciente creación y que fue la precursora de la Copa de Europa -actual Euroliga-, siendo el primer título internacional del club. Sin embargo, en la competición doméstica, el club acaba relegado a la séptima plaza del campeonato, por lo que finalmente solo consigue clasificarse para la Copa Intertoto. Además, los hooligans del KoB, lucharon a lo largo de las décadas de 1990 y de 2000 con los aficionados de los clubes de toda Europa. El terreno del Stamford Bridge, el estadio y los derechos del nombre del club son propiedad de la organización Chelsea Pitch Owners, una organización sin ánimo de lucro en donde los aficionados son los accionistas. Es más, el Villarreal logra el hito de su mejor racha liguera y realiza una espectacular remontada en el tramo final del campeonato tras ganar de forma consecutiva los últimos ocho encuentros de liga, finalizando en quinto lugar y accediendo de forma directa a la Copa de la UEFA.
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